利用步美找到的暗号解读表，柯南本以为能顺利解开暗号，不料却遇到了瓶颈。正当此时，若狭老师再次拜托少年侦探团前往旧仓库寻找石灰。来到旧仓库的众人发现仓库一片狼藉，在若狭老师不经意的提示下，柯南终于解开了暗号的含义，并推测犯人将再次来到旧仓库。为了避免打草惊蛇，柯南设计误导犯人，并在深夜与若狭老师等人再次来到旧仓库，柯南能否顺利将犯人一网打尽？